As Linhas de Pesquisa  do CONECO são: Oceanografia Química, Contaminação e Poluição Aquática, Contaminação Atmosférica, Ecotoxicologia Aquática, Biogeoquímica Orgânica Marinha e Marcadores Moleculares Orgânicos.

Cada uma das Linhas de Pesquisa tem o seguinte objetivo:

1.            Oceanografia Química: Estudar a influência dos parâmetros físico-químicos no comportamento de microcontaminantes orgânicos nos ambientes aquáticos, bem como suas interações com a matéria orgânica.

2.            Contaminação e Poluição Aquática: Identificar, avaliar e monitorar a contaminação por hidrocarbonetos, poluentes orgânicos persistentes (POPs), biocidas anti-incrustante e resíduos sólidos (microplásticos) nos compartimentos água, sedimento e biota de ambientes costeiros e oceânicos, bem como a sua biodisponibilidade e efeitos a biota.

3.            Contaminação Atmosférica: Avaliar as fontes e tendências espaço-temporais da contaminação atmosférica do continente sul americano empregando amostradores passivos na avaliação de POPs, hidrocarbonetos poliaromáticos, praguicidas de uso atual e compostos emergentes.

4.            Ecotoxicologia Aquática: Avaliar a toxicocinética, toxicodinâmica e o efeito de contaminantes orgânicos na biota de ambientes aquáticos.

5.            Biogeoquímica Orgânica Marinha: Estudar as transformações dos compostos orgânicos biogênicos e antropogênicos no ambiente marinho, originadas a partir de processos biológicos, fotoquímicos e químicos.

6.            Marcadores Moleculares Orgânicos: Identificar e monitorar os aportes de matéria orgânica e contaminantes de origem antrópica através de marcadores moleculares de hidrocarbonetos, esteroides fecais e naturais, e razões isotópicas.